La primera Universitat dels Nens i les Nenes va tenir lloc a la universitat de Tübingen (Alemanya) l’any 2002. Va ser una iniciativa dels periodistes Ulrich Janssen i Ulla Steuernagel que, posteriorment, es van dedicar a recollir el contingut de les xerrades impartides en llibres que es publiquen periòdicament (Die Kinder-Uni, editat en castellà com Una universidad para los niños).

Des de llavors, la idea s’ha expandit per tot el món, i actualment hi ha més de 200 Universitats dels Nens i les Nenes arreu d’Europa, i algunes més a l'América Llatina i Canadà. Aproximadament dos terços de les Universitats dels Nens i les Nenes s’organitzen a universitats de països germànics, bressol de la idea. Com a resultat del creixent nombre d’aquestes universitats,  s’ha creat EUCU.NET (European Children’s Universities Network), una xarxa d’institucions que acull Universitats dels Nens i les Nenes, amb l’objectiu d’identificar-ne els diferents tipus, difondre les millors pràctiques, instaurar criteris de qualitat, generar àmbits de comunicació i col·laboració entre les universitats membres i estendre el projecte a la resta d’Europa i el món. L’ACUP és membre de la xarxa des de principis de 2009, quan es va iniciar el disseny del programa per a Catalunya.

Al llarg de la seva història, les Universitats dels Nens i les Nenes han agafat un gran prestigi arreu d’Europa. Hi ha molts professors i professores que consideren un privilegi poder impartir classes dins d’aquests programes, entre els que es compta fins i tot la premi Nobel Christiane Nüsslein-Volhard. Al 2005, el projecte Kinder-Uni, que agrupa les Universitats dels Nens i les Nenes d’Alemanya va rebre el premi Descartes de la Unió Europea.

En el cas català, la Universitat dels Nens i de les Nenes no començarà de zero. En els darrers anys les universitats catalanes ja han anat organitzant tallers, xerrades i cursos per apropar la universitat a l’escola. Destaquen, per exemple, les activitats del CRECIM (Centre de Recerca per a l’Educació científica i Matemàtica), el Campus ITACA i el Programa Argó de la UAB. Les activitats per escolars emmarcades en la Setmana de la Ciència, desenvolupades per la UdL, la URV i la UPC, que, entre altres, també ha organitzat ‘Escolab’. Un projecte en què també ha participat la UPF. Aquesta universitat, a través del IULA (Institut Universitari de Lingüística Aplicada), ha endegat cursos com per a escolar com ‘De gran vull ser lingüista’. La UB també ha apropat la universitat a l’escola mitjançant cursos relacionats amb l’origen de la vida a la terra i l’evolució dels éssers vius.